La diversité des statuts des institutions membres de l'AISCCUF se traduit par la variété de leurs compétences : compétence juridictionnelle, sous ses différentes formes, pour les institutions du modèle Cour des comptes ; gamme des différentes formes d'audit (financier, de régularité, de performance) ; contrôle de l'exécution du budget de l'Etat, et/ou de la sécurité sociale, parfois assortie d’une certification des comptes. De très nombreuses ISC ont également pour mission d'apporter une assistance technique au Parlement ou au Gouvernement.

A côté de ces fonctions largement répandues, des compétences plus originales  peuvent se rencontrer, qui conduisent les ISC à contrôler les dépenses des partis politiques ou des élections, ou les organismes qui font appel à la générosité publique.