La Cour des comptes est organisée en chambres à compétence nationale (au nombre de huit), et en chambres à compétence territoriale (au nombre de neuf) et une chambre de discipline budgétaire et financière.

Elle est dirigée par un Président nommé par le Président de la République, assisté d'un vice-président.

Le rôle du Ministère public au sein de la Cour des comptes est assuré par un Censeur général assisté de censeurs.

Elle dispose également d'un greffe confié à un greffier principal assisté de greffiers.

1- Les chambres nationales

Les chambres à compétence nationale sont chargées du contrôle des comptes et de la gestion financière des ministères, le contrôle des établissements et organismes publics de toute nature dépendant d´un ministère ou recevant des subventions inscrites à son indicatif ainsi que le contrôle des entreprises publiques économiques dont l´activité est liée au secteur couvert par ledit ministère. 

2- Les chambres territoriales

Les chambres à compétence territoriale sont chargées de contrôler les finances des collectivités territoriales (wilayas et communes) relevant de leur compétence géographique. Les chambres territoriales peuvent également contrôler les comptes et la gestion des organismes publics auxquels les collectivités territoriales concèdent des concours financiers ou détiennent partiellement ou majoritairement leur capital.

3- La chambre de discipline budgétaire et financière

La chambre de discipline budgétaire et financière (CDBF) est compétente pour juger et sanctionner certaines fautes ou irrégularités commises par les gestionnaires publics et agents assimilés ayant causé un préjudice certain au trésor public ou au patrimoine des organismes publics.

4- Le Censorat général

La Cour des comptes comprend un Censorat général exerçant le rôle de Ministère public. Il est dirigé par un Censeur Général assisté de censeurs et a pour mission de suivre les attributions juridictionnelles de la Cour des comptes et, de veiller à la bonne application au sein de l´institution des lois et règlements en vigueur.

5- Le  greffe central

La Cour des comptes dispose d´un greffe dirigé par un greffier principal chargé de recevoir et d´enregistrer les affaires de l´Institution d´une part, et de préparer matériellement les audiences de la Cour des comptes siégeant toutes chambres réunies d´autre part.

6- Le bureau des rapporteurs généraux

Il est créé auprès du Président de la Cour des comptes, président du comité des programmes et des rapports, un bureau des rapporteurs généraux (au nombre de trois) qui sont chargés respectivement des travaux liés à la préparation du projet de rapport annuel, du projet d´appréciation sur l´avant projet de loi de règlement budgétaire et de l´avant- projet de programme annuel d´activité de la Cour des comptes et de son bilan.

7- Les services administratifs et techniques

Enfin, la Cour des comptes fonctionne avec l´appui de structures de soutien sous forme de départements techniques et administratifs dont l´animation, le suivi, la coordination sont assurés, sous l´autorité du Président de la Cour, par le Secrétaire général.