L'AISCCUF est dirigée par l'assemblée générale qui se réunit tous les trois ans et est gérée par le bureau.

   
Composition du bureau actuel, élu le 28 janvier 2008, lors de la cinquième assemblée générale de l'AISCCUF

Présidence : Monsieur Boureima Pierre Nébié,  Premier président de la Cour des comptes du Burkina Faso

1er Vice-président : Monsieur Ziriyo Bogui, Président de la Chambre des comptes de Côte d'Ivoire

2ème Vice-président : Monsieur Sow Adama Samba, Président de la Cour des comptes de Mauritanie

3ème Vice-président : Monsieur Arol Elie, Président de la Cour supérieure des comptes et du contentieux administratif d'Haïti

Secrétaire général : Monsieur Philippe Séguin, Premier président de la Cour des comptes de France 

Trésorier : Monsieur Philippe Roland, Président de la Cour des comptes de Belgique

Secrétaire du Comité d’expert : Madame Faïza Kéfi, Première présidente de la Cour des comptes de Tunisie

Président d'honneur : Monsieur Ahmed El Midaoui, Premier président de la Cour des comptes du Royaume du Maroc